Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como «Tercer Ángel» y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.
El final original de Neon Genesis Evangelion mostrado en los dos últimos capítulos de la serie de TV fue criticado unánimemente debido a la enorme cantidad de preguntas que dejó sin resolver. Sin más remedio, GAINAX decidió rehacer el final lanzando la película The End of Evangelion (El Final de Evangelion), que sustituye a los dos últimos episodios de la serie de TV. The End of Evangelion nos narra los acontecimientos ocurridos tras la muerte del último Ángel, revelándose un plan orquestado desde las sombras para forzar la evolución de la Humanidad, con un carácter cada vez más apocalíptico y oscuro mientras avanza la película, resolviendo las dudas dejadas de lado en el final original.
Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)
La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.
Naota es un chico normal y corriente de sexto curso que vive con su padre y su abuelo. Su monótona vida en la ciudad de Mabase se ve bruscamente interrumpida cuando una desconocida chica lo atropella con su Vespa. Su vida se convertirá en una auténtica locura cuando comiencen a salirle robots de la cabeza y deba luchar para salvar la Tierra.
Un cálido día de verano en 1983, el estudiante transferido Maebara Keiichi llega a un pacífico pueblo rural en Hinamizawa. Allí, se hace amigo de sus compañeras de clase Rena, Mion, Rika y Satoko. Aceptado como un miembro oficial del “club”, Keiichi y la pandilla realizan diversas actividades como juegos de cartas y de mesa, así como a las escondidas. Pero justo cuando Keiichi comenzaba a acostumbrarse a la vida en el campo, se encuentra con la oscura historia detrás de Hinamizawa. Mientras Keiichi va desentrañando este oscuro misterio, descubrirá que sus nuevos amigos podrían no ser lo que aparentan.