Todo comienza un año después de la victoria contra Bagramon en el equipo de Basketball «Xros Heart», un joven llamado Akashi Tagiru busca superar a su maestro Kudo Taiki y su compañero Amano Yuu. Cosas extrañas empiezan a ocurrir en el mundo humano y Tagiru escucha una extraña voz pidiendo ayuda. Tagiru es trasportado por un «Digi-Quartz» a un mundo paralelo y ahi conoce a Gumdramon quien pedia ayuda y a tres chicos Mogami Ryouma, Tobari Ren y Suzaki Airu quienes se hacen llamar «Digimon Hunters» Tagiru decide convertirce en un Digimon Hunter y un misterioso señor llamado Watchman le da un «Xros Loader», asi junto a Taiki y Yuu comienzan su nueva aventura.