Un día aparecen unas misteriosas criaturas voladoras llamadas Zai y destrozan todas las fuerzas aéreas de la humanidad. Para enfrentarlas, la humanidad modifica unas naves ya existentes para crear soldados mecanizados especiales llamados «Daughters», y que pilotan unos mecanismos autónomos llamados «Anima» con aspecto de chicas humanas. Narutani Kei es un chico que aspira a recuperar los cielos y un día se encuentra con una nave roja y su piloto, una Anima llamada Gripen que es el as mejor guardado de la humanidad.